Alors que l'oncle Vernon, la tante Pétunia et son cousin Dudley reçoivent d'importants invités à dîner, Harry Potter est contraint de passer la soirée dans sa chambre. Dobby, un elfe, fait alors son apparition. Il lui annonce que de terribles dangers menacent l'école de Poudlard et qu'il ne doit pas y retourner en septembre. Harry refuse de le croire.
Mais sitôt la rentrée des classes effectuée, ce dernier entend une voix malveillante. Celle-ci lui dit que la redoutable et légendaire Chambre des secrets est à nouveau ouverte, permettant ainsi à l'héritier de Serpentard de semer le chaos à Poudlard. Les victimes, retrouvées pétrifiées par une force mystérieuse, se succèdent dans les couloirs de l'école, sans que les professeurs - pas même le populaire Gilderoy Lockhart - ne parviennent à endiguer la menace. Aidé de Ron et Hermione, Harry doit agir au plus vite pour sauver Poudlard.
Selene est une guerrière vampire puissante. Dans la lutte qui oppose depuis des siècles son peuple à celui des Lycans, des loups-garous, elle est reconnue pour être l'une des tueuses les plus efficaces. Jusqu'au jour où elle tombe amoureuse de Michael Corvin, un humain qui se retrouve pris malgré lui dans l'affrontement des deux clans. Mordu par l'un des loups-garous, il devient rapidement l'un d'entre eux. Entre passion et devoir, Selene doit alors choisir son camp...
Neo apprend à mieux contrôler ses dons naturels, alors même que Sion s'apprête à tomber sous l'assaut de l'Armée des Machines. D'ici quelques heures, 250 000 Sentinelles programmées pour anéantir notre espèce envahiront la dernière enclave humaine de la Terre.
Mais Morpheus galvanise les citoyens de Sion en leur rappelant la Parole de l'Oracle : il est encore temps pour l'Elu d'arrêter la guerre contre les Machines. Tous les espoirs se reportent dès lors sur Neo. Au long de sa périlleuse plongée au sein de la Matrix et de sa propre destinée, ce dernier sera confronté à une résistance croissante, une vérité encore plus aveuglante, un choix encore plus douloureux que tout ce qu'il avait jamais imaginé.
L'histoire se déroule un an après le premier film. On y suit les deux survivants rentrer chez eux et tenter d'alerter l'opinion publique sur ce qui s'est passé sur l'île. Leurs déclarations provoquent un chaos sur tout le pays, violemment réprimé par le pouvoir militaire. Ce dernier décide alors de faire participer les deux opposants à la deuxième session de Battle Royale en compagnie d'une classe beaucoup moins tendre que la précédente.